Candi Borobudur dibangun dengan bentuk piramida berundak 10 lantai sesuai dengan konsep 10 tataran penyempurnaan kebajikan untuk merealisasi Kebuddhaan. Enam lantai candi berbentuk teras bujursangkar; empat lantai berbentuk teras lingkar. Candi ini memiliki 504 arca Buddha yang terletak dalam 432 relung di teras bujursangkar dan 72 stupa berlubang di teras lingkar.
Candi Borobudur berbentuk seperti bujursangkar dengan ukuran 123 x 123 meter, dan didirikan dengan menggunakan bukit alami sebagai pondasinya. Tinggi bangunan candi tanpa mahkota stupa utama adalah 34,5 meter. Jika dipasang mahkota stupa utamanya, tingginya menjadi 42 meter.
Pada bagian teras bujursangkar terdapat 2.672 pahatan relief yang terdiri dari 1.212 relief dekoratif, dan 1.460 relief kisah. Relief kisah ini meliputi 160 relief tersembunyi Mahakarmawibhangga yang ada di balik kaki candi. Kaki candi yang lebar dibuat dari 13.000 meter kubik batu untuk mengokohkan struktur candi agar tidak longsor.
Pada dinding luar, serta dinding dalam galeri tingkat pertama dan kedua terpahat 720 relief kisah Jataka dan Awadana, yang mengisahkan mengenai kelahiran lampau Buddha.
Pada dinding dalam galeri tingkat pertama juga terpahat 120 relief kisah Lalitawistara, yang mengisahkan riwayat hidup Buddha Gautama.
Pada galeri kedua, ketiga, dan keempat terpahat 460 relief kisah Gandawyuha, yang mengisahkan pencarian pencerahan oleh pemuda Sudhana.
Di bagian teras bujursangkar ini, baik dinding luar dan galeri dipahat dengan relief dan dihias dengan stupa kecil dan relung berisi arca Buddha duduk bersila setinggi 1,5 meter.
Terdapat 432 arca Buddha dalam relung di teras ini. Arca Buddha dalam relung dalam posisi duduk bersila, menghadap ke luar. Sikap tangan atau mudra arca di tiap sisi candi berbeda, dengan rincian:
- Arca Buddha menghadap ke Timur: mudra Bhumisparsa, yang berarti memanggil bumi sebagai saksi.
- Arca Buddha menghadap ke Selatan: mudra Wara, yang berarti kedermawanan.
- Arca Buddha menghadap ke Barat: mudra Dhyana, yang berarti pengheningan batin.
- Arca Buddha menghadap ke Utara: mudra Abhaya, yang berarti tidak gentar.
- Arca Buddha di pagar teras lingkar: mudra Witarka yang berarti pengerahan akal budi.
- Arca Buddha dalam stupa: mudra Dharmacakra yang berarti memutar Roda Dharma.
Teras lingkar ini terdiri dari 4 lantai berupa lantai dasar lalu 3 lantai berisi rangkaian stupa melingkar dan 1 stupa utama.
Rangkaian stupa lantai pertama terdiri dari 32 stupa, melambangkan jumlah 32 markah agung Sakyamuni.
Rangkaian stupa lantai kedua terdiri dari 24 stupa, yakni penanggalan almanak India yang meliputi siklus 12 bulan purnama dan 12 bulan baru.
Stupa lantai pertama dan kedua memiliki lubang berbentuk wajik.
Rangkaian stupa lantai ketiga terdiri dari 16 stupa, dengan lubang berbentuk kotak, berpuncak pada stupa utama.
56 stupa dengan masing-masing 64 lubang wajik memiliki makna Buddha di dalamnya memancarkan 364 cahaya ke sepuluh penjuru mata angin, merujuk ke almanak matahari.
16 stupa dengan 44 lubang kotak memancarkan 72 nirmita ke sepuluh penjuru, merujuk ke satuan penanggalan India kuno.
Dalam tiap stupa berlubang terdapat arca Buddha dengan mudra Dharmacakra.
Candi Borobudur dibangun dari 60.000 meter kubik batu andesit atau lebih dari satu juta blok batu. Tiap blok batu penyusun Borobudur memiliki bobot sampai 100 kg. Pembangunan Borobudur tidak memakai semen sama sekali, melainkan sistem batu pengunci, yakni balok batu yang bisa mengunci posisi satu sama lain.
Pahatan reliefnya baru dibuat langsung di lokasi setelah bangunan dan dinding candi rampung. Candi Borobudur dilengkapi sistem drainase yang cukup baik untuk mengatasi curah hujan dan genangan air. Terdapat lebih dari 100 pancuran air di sudut-sudut candi, masing-masing dengan rancangan pancuran berbentuk kepala raksasa kala atau makara.
Tangga terletak pada bagian tengah keempat sisi mata angin yang membawa pengunjung menuju bagian puncak monumen melalui serangkaian gerbang lengkung berukiran motif kala, dengan sepasang singa menjaga di tiap gerbangnya.